Лично (Имея опыт обоих) Все зависит от ваших целей. Вы хотите быстро и легко собрать проект вместе или у вас есть неограниченное время и вы хотите, чтобы все было полнофункционально и адаптировалось к вашим точным спецификациям? CodeIgniter позволит вам построить каждый аспект именно так, как вы хотите, а WordPress (с помощью плагинов) позволит вам получить конечный результат, который вы хотите, без каких-либо дополнительных настроек.
Однако, как говорится, ничего не значит, что вы не можете использовать CodeIgniter и направлять трафик на часть WordPress для определенных аспектов, все по вашему личному предпочтению.