Вы можете отслеживать несколько устройств ввода отдельно, используя сообщение WM_INPUT.Подробности здесь .Однако это зависит от Windows, хотя вы можете получить к нему доступ из C # с помощью p / invoke, ваши шансы на Mono невелики.
В Linux вам, вероятно, захочется открывать и читать из различных /dev/input/n устройств и обрабатывают несколько мышей таким образом.Или используйте API ввода X-Windows.