Либо используйте установочный пакет msi и разрешите установить все эти значения в мастере установки, либо используйте новый синтаксис преобразования web.config , представленный в .NET 4.0 (у вас будет отдельная конфигурация и цель сборки для каждого заголовка хоста).
Редактировать - сначала я не понял ваш вопрос:
Вам придется установить приложение несколько раз.У вас не может быть одного сайта с несколькими разными конфигами.Но вам не нужно копировать библиотеки несколько раз - вы можете использовать ссылки (mklink.exe).Это означает, что у вас будет один центральный каталог, содержащий ваш общий контент, такой как каталог bin, и у вас будет отдельный каталог для каждого сайта.Каждый из каталогов сайтов будет содержать собственный web.config и некоторый контент, помещенный в корневой каталог вашего сайта + ссылки на центральный каталог.Вы создадите отдельное приложение для каждого сайта в IIS и сопоставите отдельный заголовок узла каждому приложению.
Другая возможность - это обрабатывать это в своем коде и иметь все в одном файле web.config, но IMO это довольно плохое и опасное решение.