Да, это поддерживает.Посмотрите на опции, начинающиеся с -fipa здесь .Последняя версия gfortran (4.5+) поддерживает еще более сложный тип оптимизации - оптимизацию по времени соединения (LTO), которая представляет собой межпроцедурную оптимизацию файлов.Соответствующий флаг компилятора - -flto.
PS Я написал небольшую серию сообщений о LTO в моем блоге.Пожалуйста!: -)