Есть ли смысл вызывать нативную функцию из отдельного потока Java или она уже запущена в отдельном потоке виртуальной машиной Dalvik?
Собственные методы запускаются так же, как и другие методы (если в описании метода не указано иное).Вы должны обрабатывать случаи, когда вам нужно запустить медленный код, чтобы пользовательский интерфейс не блокировался.Есть несколько способов для этого, проверьте это:
http://developer.android.com/resources/articles/painless-threading.html