Вариант 1 - Разработайте свой проект, который должен поддерживать .NET 1.1 отдельно от веб-службы. Создайте папку под управлением исходного кода, где вы храните библиотеки, от которых зависит ваш веб-сервис. Когда вы обновите проект, соберите его и сохраните в папке зависимостей. Помните, что использование сборки .NET 1.1 с .NET 3.5 не идеально.
Вариант 2 - Включите проект, который должен поддерживать .NET 1.1, в оба решения, которые в этом нуждаются. При построении его с помощью веб-службы установите целевую платформу из свойств проекта на 3,5, а при использовании, где он должен поддерживать 1.1, установите целевое значение 1,1.
Почему вы не можете обновить приложение 1.1 до 2.0 или 3.5? Как если бы вы могли построить проект как 2.0 в варианте 1, узкого места не было бы.