Я выяснил это
Для экранирования значение должно быть в двойных кавычках, например:
import org.yaml.snakeyaml.Yaml
o = new Yaml().load('a: "a\\nb"')
o.a
выход:
groovy> import org.yaml.snakeyaml.Yaml
groovy> o = new Yaml().load('a: "a\\nb"')
groovy> o.a
Result: a
b