Вы можете использовать org.eclipse.ui.menus
для ввода команд в главное меню или главную панель инструментов. В вашем плагине после определения команды добавьте еще одно расширение:
<extension point="org.eclipse.ui.menus">
<menuContribution locationURI="menu:file?after=additions">
<command commandId="z.ex.cmd.commands.sampleCommand"
id="z.ex.cmd.menus.sampleCommand"/>
</menuContribution>
</extension>
Это добавит команду в меню Файл . Все, что вам нужно знать, это идентификатор меню, в которое вы хотите внести свой вклад (как определено в вашем основном плагине), и точку вставки (или добавления, если это не имеет значения).