JAR-файл - это, в основном, ZIP-файл, поэтому вы можете поместить в него все, что захотите. Там нет встроенного шифрования, поэтому, если вы пытаетесь сделать файлы SQL нечитаемыми, вам придется зашифровать их (а затем дешифровать в своем коде). Я не понимаю, что вы подразумеваете под «Внешние файлы предварительно, потому что тогда у нас есть подсветка синтаксиса при разработке вместо помещения их в строку».