Если вы ищете взаимодействие с пользователем, придерживайтесь xml. В настоящее время у него больше поддержки, понимания и всеобщего признания. Если он внутренний, я бы сказал, что буферы протокола - отличная идея.
Возможно, через несколько лет, когда появится больше инструментов для поддержки протокольных буферов, начните искать подходящие API-интерфейсы. До тех пор ... JSON ?