Как насчет
@"([^\n\r]*)$"
Это означает, что соответствует всему, что не является символом перевода строки до конца строки.
Ну, когда я думаю об этом, когда вы не используете модификатор DOTALL, тогда все должно быть в порядке
@"(.*)$"
Без этого модификатора .
не соответствует символам новой строки. Так что нет необходимости в \n
в начале.