Фредерик,
MyEclipse пытается развернуть ваш проект в месте, которое уже содержит развертывание, которое не было создано с MyEclipse, поэтому вас предупреждают. Как правило, вы также должны получить несколько вариантов того, как MyEclipse должен справиться с этим (например, удалить или создать резервную копию) - вы не видите эти параметры?
Если вам нужна дополнительная помощь, не могли бы вы создать пост на форумах MyEclipse здесь?
http://myeclipseide.com/index.php?module=PNphpBB2
Пожалуйста, укажите версию MyEclipse, которую вы используете.
Спасибо,
Брайан.