У вас есть контроль над программой, которая помещает файлы в каталог?Поместите что-то вроде «.partial» в конец имени файла, пока файл все еще пишется, а затем переименуйте его, чтобы удалить «.partial», когда запись будет завершена.Если вы заставите программу мониторинга файлов Java игнорировать файлы, имена которых оканчиваются на «.partial», они будут видеть файлы только после того, как они будут полностью записаны.