Выберите «нормальный» формат - CR или CRLF. Когда пользователь выбирает другой формат, отфильтруйте текстовый файл, чтобы заменить CR на CRLF или наоборот. Вы должны легко это сделать, используя NSreuString: -replaceOccurferencesOfString: withString: options: range: method или аналогичный.