У меня похожая проблема, и она вызвана архитектурой. Я должен добавить отображение для 64 бит тоже так:
<add name="aspnet_isapi" path="*" verb="*" modules="IsapiModule" scriptProcessor="%windir%\Microsoft.NET\Framework\v2.0.50727\aspnet_isapi.dll" resourceType="Unspecified" requireAccess="None" preCondition="classicMode,runtimeVersionv2.0,bitness32" />
<add name="aspnet_isapi-64" path="*" verb="*" modules="IsapiModule" scriptProcessor="%windir%\Microsoft.NET\Framework64\v2.0.50727\aspnet_isapi.dll" resourceType="Unspecified" requireAccess="None" preCondition="classicMode,runtimeVersionv2.0,bitness64" />