Вы не можете получить их непосредственно в файле javascript - вы можете использовать сценарии на стороне сервера (ASP.NET) для вывода их значений в переменные javascript и передачи их функциям, которые находятся в файле, но не динамически в javascript файл.
Вы можете создать модуль HTTP, который будет динамически генерировать файл javascript - у него будет прямой доступ к web.config, и вы сможете динамически вставлять значения из него по мере вывода javascript.