Собираюсь принять ответ Ягора, так как он наиболее прямо отвечает на мой вопрос - интеграция Cobertura с TeamCity. Но лучшим решением в нашей ситуации было просто объединить teamcity с сервером Sonar . Сонар обеспечивает покрытие кода (с помощью Cobertura или многих других инструментов покрытия), статический анализ и множество других метрик из коробки без особых усилий.