Первое, что я делаю, когда создаю проект Eclipse, подключенный к Subversion, это svn: игнорировать файлы .classpath и .project.Так как вы уже сделали это, я бы просто удалил их из вашего svn, а затем проигнорировал их.Честно говоря, у них нет причин быть там.