Я бы, вероятно, изменил сценарий так, чтобы он всегда вызывал gdb (и вернул это позже), или добавил бы опцию для вызова gdb. Это почти всегда будет самым простым решением.
Следующий простой способ - временно переместить исполняемый файл и заменить его сценарием оболочки, который запускает gdb в перемещенной программе. Например, в каталоге, содержащем вашу программу:
$ mv program _program
$ (echo "#!/bin/sh"; echo "exec gdb $PWD/_program") > program
$ chmod +x program