Это не сработает так, как вы пытаетесь это сделать в данный момент, поскольку вам нужно иметь собственные файлы рядом с jar и указывать на них с помощью параметра -Djava.library.path.
Если вам нужен только один jar-файл и вы хотите избежать хлопот командной строки и собственных файлов, используйте инструмент JarSplice . JarSplice прост в использовании и автоматически обрабатывает нативные файлы для вас.
1) Просто экспортируйте ваш проект (класс и ресурсы) в банку (проще сделать это через вашу IDE).
2) Затем запустите JarSplice, добавьте все необходимые jar-файлы на вкладку jars (jar вашего приложения, lwjgl.jar и любой другой используемый вами внешний jar-файл).
3) Затем на вкладке «Нативы» добавьте все файлы «нативов» (windows * .dll, linux * .so, mac * .dylib & * .jnilib).
4) На вкладке класса добавьте свой основной класс. Затем создайте свою банку.
Затем вы можете запустить этот jar, просто дважды щелкнув по нему (или, если хотите, через командную строку, используя 'java -jar yourapp.jar').