Невозможно спрятать окно в чистом пакетном режиме. Лучшая альтернатива - перезапустить себя (.bat) с помощью команды START и переключателя / MIN, чтобы минимизировать его, а не скрытьспециальный параметр и проверьте% 1, чтобы увидеть, нужно ли вам перезапускать или нет)