Вы правы.
В настоящее время (CouchDB 1.1.0 и, насколько мне известно, следующий выпуск, 1.2 также), единственный способ изменить документы навалом - это отправить сами литеральные документы в CouchDB с помощью CouchDB API для массовых документов .
По моему опыту, на практике это не является серьезной проблемой, потому что массовые операции, как правило, выполняются с автономными инструментами или с операциями AJAX, где нет заметного влияния на взаимодействие с пользователем.