В установщик Windows уже встроена автоматическая защита. Если две или более из ваших установок действительно пытаются установить, будет установлена только первая. Другие выдадут сообщение о том, что другая установка уже выполняется. Это обеспечивается _msiexecute mutex .
Если вы хотите разрешить ситуацию раньше, вам придется написать свои собственные пользовательские действия, чтобы создать свой собственный мьютекс, завершить его после завершения установки и проверить его при запуске. Тем не менее, я бы пометил эту проблему как «Функции как спроектированные» и пошел дальше.