Если вам нужно просто дифференцировать включение CSS, вы можете использовать условия IE в HTML:
<![if IE]>
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="ie.css" />
<![endif]>
и для всех остальных случаев
<![if !IE]>
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="not-ie.css" />
<![endif]>
Если вам нужно что-то большееВ частности, вам придется использовать некоторые хаки, но это совсем не рекомендуется