Не уверен, что я понял бы ваш вопрос, но архетип, который вы используете для создания проекта, не имеет значения. Это простой способ создать некоторые из необходимых артефактов.
Если вы хотите использовать веб-сервисы, добавьте соответствующие зависимости (скорее всего, они определены как «предоставленные», поскольку ваш контейнер уже предоставит реализацию.
Если вы упакуете его как WAR, вы не сможете использовать полный стек EE (только сервлеты), если вы не развернете его на сервере приложений, совместимом с EE6.
Если вы хотите использовать EJB и адаптеры REsource, вам необходимо упаковать его как EAR (EJB поддерживается в WAR как o EE6, как упомянуто выше).
Я думаю, что есть и архетип для "полного" EE-приложения, если вы хотите больше модулей и упаковки:)
Надеюсь, это поможет.