Вы также можете сделать это с помощью библиотеки iText.
Вот пример кода:
PdfReader.unethicalreading = true;
PdfReader reader = new PdfReader(inputFile);
PdfEncryptor.encrypt(reader, new FileOutputStream(outputFile), null,
null, PdfWriter.ALLOW_ASSEMBLY | PdfWriter.ALLOW_COPY
| PdfWriter.ALLOW_DEGRADED_PRINTING | PdfWriter.ALLOW_FILL_IN
| PdfWriter.ALLOW_MODIFY_ANNOTATIONS | PdfWriter.ALLOW_MODIFY_CONTENTS
| PdfWriter.ALLOW_PRINTING | PdfWriter.ALLOW_SCREENREADERS, false);
P.S. : используйте unethicalreading
флаг на свой страх и риск .