Вы можете добавить выбранную ячейку [indexPath row] в массив. И используйте это позже.
NSMutableArray * selectedCellsArray; // iVar, то где-то в вашей реализации
selectedCellsArray = [[NSMutableArray alloc] init];
в вашем tableView метод делегата didSelectRowAtIndexpath:
[selectedCellsArray addObject:[NSNumber numberWithInt:[indexPath row]]];
в вашем массиве будут все выбранные строки таблицы tableView indexPath.