Вы можете создать несколько таблиц вручную путем поднабора данных
Таблица 1 (при условии, что первые три столбца должны быть в обоих
print(xtable(myData[,c(1:3,4:25)], caption="my wide table", label="tab:myTab", digits=3),
tabular.environment="longtable", caption.placement="top",
size="\\tiny", table.placement="", floating=FALSE)
Таблица 2
print(xtable(myData[,c(1:3,25:50)], caption="my wide table", label="tab:myTab", digits=3),
tabular.environment="longtable", caption.placement="top",
size="\\tiny", table.placement="", floating=FALSE)