Моим первым предположением будет что-то вроде
$items = Mage::getResourceModel('sales/quote_item_collection');
foreach ($items as $item) {
$item->delete();
}
Элементы корзины хранятся как часть «цитаты». Циклический просмотр их всех может быть медленным, выполнение в SQL быстрее, но не так безопасно.
TRUNCATE `sales_flat_quote_item`;