Я не думаю, что вы должны это делать.
(Вы можете попробовать определить профиль - скажем, профиль полной сборки, где вы убедитесь, что каждый модуль компилируется только один раз, другой профиль, который добавляет дополнительные модули, когда вы выполняете сборку.)
Но вам лучше пойти по этому пути - каждый проект должен включать в качестве модулей только каталоги из своего собственного каталога, например только прямые дети.
Maven имеет некоторые неписанные неявные предположения, такие как - всегда наследовать подмодули от pom в родительском каталоге, например, дерево наследования должно соответствовать вашему дереву каталогов, в противном случае некоторые плагины не будут работать, например, плагин релиза или некоторые плагины отчетов.
Краткий ответ - в maven вы не можете дважды иметь модуль в иерархии / дереве проекта.
Есть много неправильных способов в maven, поэтому нужно придерживаться того, что, как известно, работает - например, иерархия pom == структура каталогов.