Предполагая, что вам на самом деле не нужен файл PDF, а только изображение штрих-кода, вы можете попробовать:
Barcode39 code39ext = new Barcode39();
code39ext.setCode("Testing Text");
code39ext.setStartStopText(false);
code39ext.setExtended(true);
java.awt.Image rawImage = code39ext.createAwtImage(Color.BLACK, Color.WHITE);
BufferedImage outImage = new BufferedImage(rawImage.getWidth(null), rawImage.getHeight(null), BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
outImage.getGraphics().drawImage(rawImage, 0, 0, null);
ByteArrayOutputStream bytesOut = new ByteArrayOutputStream();
ImageIO.write(outImage, "png", bytesOut);
bytesOut.flush();
byte[] pngImageData = bytesOut.toByteArray();
Это должно просто создать изображение штрих-кода, отобразить его в памяти и сохранить впоток / байт [] для дальнейшего использования.