Важные части кода отсутствуют. Каковы размеры вашего массива?
Остальная часть кода кажется хорошей, поэтому я написал небольшое тестовое приложение, которое записывает числа [1-6] в файл с именем demo.txt .
#include <iostream>
#include <fstream>
using namespace std;
int main()
{
fstream fs;
fs.clear();
fs.open("demo.txt", fstream::out | fstream::trunc);
int theThermalArray[][3] = { { 1, 2, 3 }, { 4, 5, 6 } };
int theNumberHorizontalPoints = 2;
for (int idx = 0; idx < theNumberHorizontalPoints; ++idx)
{
for (int zdx = 0; zdx < 3; ++zdx)
{
fs << theThermalArray[idx][zdx] << " ";
}
fs << std::endl;
fs.flush();
}
fs.close();
}