Да, это обязательно, и это проблема проектирования:
Перекрытие между метаданными NCX и OPF
Поскольку NCX заимствован из другого стандарта, существует некоторое перекрытие междуинформация, закодированная в NCX и в OPF.Это редко проблема, когда вы генерируете EPUB программно, когда один и тот же код может выводиться в два разных файла.Позаботьтесь о том, чтобы поместить одну и ту же информацию в обоих местах, так как разные читатели EPUB могут использовать значения из одного или другого.
Источник
Это небольше не будет в будущей версии нормы ( ePub 3 ), но учтите, что ни одно устройство не поддерживает его в настоящее время.