Вы не можете. Суть HEREDOC в том, что все, что внутри, будет частью строки. Он существует, чтобы избежать трактовки метасимволов PHP (включая комментарии). Все, что вы поместите в него, появится в строке (и, таким образом, в этом случае будет отображено в любом месте, куда направлен вывод).
Если вывод HTML, вы можете включить в него комментарий HTML. Это все равно будет отображаться в выводе, но все, что разбирает HTML, будет восприниматься как комментарий. Аналогично, если содержимое - JS, вы можете использовать комментарий JS и т. Д.