Вы можете создать второе окно в -applicationDidFinishLaunching.
UIWindow *secondWindow = [[UIWindow alloc] initWithFrame:[UIScreen mainScreen].bounds];
secondWindow.windowLevel = (UIWindowLevelAlert + 1000.0);
secondWindow.backgroundColor = [[UIColor redColor] colorWithAlphaComponent:0.5];
secondWindow.userInteractionEnabled = NO;
[secondWindow makeKeyAndVisible];
Это прекрасно работает для меня. Я, однако, не работаю с IB. Не знаю, хорошо ли это работает с Interface Builder.