Как объяснил @Jonas (победите меня), вам нужно правильно упорядочить данные двух временных рядов.Позвольте мне добавить пример к этому:
%# first series
x1 = linspace(pi/4, 5*pi/4, 100);
y1 = cos(x1);
%# second series
x2 = linspace(pi/4, 5*pi/4, 100);
y2 = sin(x2);
subplot(121), fill([x1 x2], [y1 y2], 'r')
subplot(122), fill([x1 fliplr(x2)], [y1 fliplr(y2)], 'r')
hold on
plot(x1,y1, 'Color','b', 'LineWidth',3)
plot(x2,y2, 'Color','g', 'LineWidth',3)