Непонятно, делаете ли вы это для безопасности или только для того, чтобы троян требовал оплату за восстановление файлов;)
Шифрование файлов после того, как они были записаны в виде открытого текста, приведет к распространению открытого текста вокруг вашего Flash (или диска) до тех пор, пока это пространство не будет освобождено для новых файлов. Это в основном не безопасно. Вы должны зашифровать, прежде чем байты будут записаны на диск.
Android работает на Linux, и драйверы устройств для хранения, хотя и модульные, скомпилированы в ядро. Поэтому, если вы не распространяете пользовательский образ Android, вы не можете после установки установить драйвер на чужое устройство.
Подобное обсуждение было в списке рассылки здесь .