Я не думаю, что Xcode может делать такие вещи.
Кроме того, Xcode не предлагает создавать много папок в папке вашего проекта. Папки по умолчанию, созданные шаблоном, достаточно хороши. Вам НЕ нужно управлять ими самостоятельно.
Но если вы настаиваете на управлении папками в своем проекте самостоятельно, вы должны сделать это с помощью Finder, а затем добавить их в Xcode в качестве ссылок (убедитесь, что выбран «Создать группы для любых добавленных папок»).