Вы можете сделать это несколькими способами; однако почти каждый способ связан с сетевым подключением.
Вы можете написать пару клиент-серверных Java-программ с подключением клиента к серверу и отправкой команды.
Вы могли бы написать свой Java для использования существующего сервера, такого как sshd, telnetd, rsh, ftpd или ранее существовавший другой сервер, который позволяет команды на удаленном конце.
Вы можете использовать архитектуру, которая обрабатывает определенные аспекты создания пары клиент-сервер, такие как RMI, SOAP, CORBA и т. Д.
В конце концов, Java поддерживает множество сетевых опций, поэтому у вас есть больше способов сделать это, чем вы думаете. Просто убедитесь, что вы не делаете этого в веб-браузере, поскольку эти JVM запускаются в изолированной программной среде, и вы не можете выйти из песочницы без некоторой помощи.