SQL означает Структурированный Язык запросов - вы не можете поместить предложение WHERE в нужное место в запросе.Предложение WHERE должно быть после предложений FROM / JOIN, а также перед предложениями GROUP BY, HAVING и ORDER BY.IE:
SELECT *
FROM ITEMS i
LEFT JOIN TOPICS t ON t.TopicID = i.FK_TopicID
WHERE FK_UserID = $_SESSION[user_id]
ORDER BY TopicSort, TopicName ASC, ItemSort, ItemTitle
Для защиты от атак с использованием SQL-кода лучше использовать sprintf :
$sql = sprintf("SELECT *
FROM ITEMS i
LEFT JOIN TOPICS t ON t.TopicID = i.FK_TopicID
WHERE FK_UserID = %u
ORDER BY TopicSort, TopicName ASC, ItemSort, ItemTitle",
mysql_real_escape_string($_SESSION[user_id]));
$result = mysql_query($sql);