Использование процессов и cmd.exe
var psi = new ProcessStartInfo("cmd.exe");
psi.WindowStyle = ProcessWindowStyle.Hidden;
psi.Arguments = @"/C cd C:\windows\system32 && dir";
var proc = Process.Start(psi);
proc.WaitForExit()
Console.WriteLine("Finished!");
Аргумент /C
в начале любой команды, которую вы хотите выполнить, означает, что оболочка выполнит эту команду и завершит работу после ее завершения.