Загрузка файла занимает некоторое время? Если это так, вам может понадобиться скорректировать время ожидания вашего скрипта в php. Предполагая, что ваш запрос не является жестким тайм-аутом от Apache, вы захотите посмотреть на ограничения ресурсов в php.
Шахта выглядит так:
max_execution_time = 300
max_input_time = 120
memory_limit = 128M