Прежде всего, вы должны учитывать, что рабочие процессы для мобильных и настольных компьютеров сильно различаются. Попытка переключаться между версией для ПК и мобильной версией не будет просто переключением между ресурсами.
Во-вторых, две структуры пользовательского интерфейса сильно различаются в том, как они используются. Пользовательский интерфейс jQuery - это коллекция виджетов, которые вы можете вызывать, когда захотите и где хотите, в некотором смысле это библиотека (ish) с поддержкой CSS. JQuery Mobile работает совсем по-другому, однако по умолчанию это фреймворк, управляемый разметкой, и для его запуска и запуска не требуется, чтобы вы написали даже 1 строку Javascript.
Я бы посоветовал вам думать о слое данных как о вашем общем коде, а о стороне клиента - как о двух совершенно отдельных работах. Лично мне удалось создать приложения, используя обычные веб-сервисы REST. Я использую пользовательский интерфейс jQuery для использования веб-сервисов и создания гибридных приложений для клиентской части. Затем я для мобильной версии использую серверную часть веб-сервисов для создания HTML-страниц jQuery-mobile для использования на мобильных устройствах.
Также обратите внимание, что генерация динамического HTML на стороне клиента с помощью jQuery Mobile наверняка вызовет у вас огромные головные боли. Пока проект не достигнет зрелости, я буду использовать его только для улучшения фреймворков с высокой семантической разметкой. Создайте хороший сплошной слой данных, а все остальное будет просто:)