Я не уверен, что вы пытаетесь сделать, но я использую jdom для большинства моих xml-проблем и поддерживает пространства имен (конечно).
Код:
Document doc = new Document();
Namespace sNS = Namespace.getNamespace("someNS", "someNamespace");
Element element = new Element("SomeElement", sNS);
element.setAttribute("someKey", "someValue", Namespace.getNamespace("someONS", "someOtherNamespace"));
Element element2 = new Element("SomeElement", Namespace.getNamespace("someNS", "someNamespace"));
element2.setAttribute("someKey", "someValue", sNS);
element.addContent(element2);
doc.addContent(element);
создает следующий xml:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<someNS:SomeElement xmlns:someNS="someNamespace" xmlns:someONS="someOtherNamespace" someONS:someKey="someValue">
<someNS:SomeElement someNS:someKey="someValue" />
</someNS:SomeElement>
Который должен содержать все, что вам нужно. Надеюсь, это поможет.