При использовании агрегатной функции (сумма / количество / ...) также необходимо использовать предложение GROUP BY.
Кроме того, когда вы хотите отфильтровать результаты агрегата, вы не можете сделать это в предложении WHERE, но вы должны сделать это в предложении HAVING.
SELECT p1.domain_id, p2.domain_id, COUNT(p1.domain_id) AS d1, COUNT(p2.domain_id) AS d2
FROM PDB as p1, Interacting_PDBs as i1, PDB as p2, Interacting_PDBs as i2
WHERE p1.id = i1.PDB_first_id
AND p2.id = i2.PDB_second_id
AND i1.id = i2.id
GROUP BY p1.domain_Id, p2.domain_Id
HAVING d1 > 100 AND d2 > 100
ORDER BY d1, d2;