Идея JOptionPane состоит в том, чтобы показать модальное диалоговое окно, которое запрашивает подтверждение или параметр, и продолжить, как только пользователь выбрал параметр.Без выбранной опции программа не сможет продолжить.
Если вы хотите немодальное диалоговое окно, вам нужно будет создать его самостоятельно, используя JDialog.