Я не уверен, что EnableInterfaceInterceptors
может обрабатывать несколько регистраций, но если это возможно, это должно работать:
builder.RegisterAssemblyTypes(assemblies).Where(t => t.IsAssignableTo<IFilter>())
.EnableInterfaceInterceptors();
Если вам нужно, это можно включить в метод расширения (как почти все методы регистрации ContainerBuilder), чтобы получить точный синтаксис, который вы запросили выше.