Кажется, нет способа сделать это из командной строки, но вы всегда можете переместить файлы после того, как они сгенерированы.Но я бы порекомендовал против этого: вам следует рассмотреть возможность сохранения пакетов, связанных с тем, что делает код, у вас уже будут контроллеры и доменные объекты в разных папках, поэтому нет особой необходимости добавлять контроллер в имя пакета.
Есть ли какая-то причина, по которой вы хотите изменить работу пакетов по умолчанию?
Вот вопрос о структуре пакетов Grails.