Не видя больше вашего кода, трудно ответить на вашу проблему, но я думаю, что знаю, в чем проблема.Вы показываете код, где вы создаете новый массив ссылок JButton.Однако это не разрушает и не удаляет кнопки, которые вы имели в предыдущем массиве.Если кнопки были где-то видны (как правило, в случае наличия кнопок), то сначала их следует удалить из этого контейнера.Вероятно, это та последовательность, которая вам нужна, если вы хотите заменить все кнопки.
Для каждой кнопки, на которую ссылается ваш массив, удалите ее из контейнера, где она видна.Затем вы можете заменить свой массив, заполнить его новыми кнопками и, наконец, добавить кнопки в контейнер, где они снова должны быть видны.
Но тогда реальный вопрос заключается в том, действительно ли вам нужно создать новый массив сновые кнопки.Разве вы не можете просто использовать свой существующий?