Как уже было сказано, вы можете запустить процесс appcmd. Но только подсказка, что если вы не утешаете всплывающее окно, вы можете перенаправить вывод.
Вот код из MSDN
// Start the child process.
Process p = new Process();
// Redirect the output stream of the child process.
p.StartInfo.UseShellExecute = false;
p.StartInfo.RedirectStandardOutput = true;
p.StartInfo.FileName = "Write500Lines.exe";
p.Start();
// Do not wait for the child process to exit before
// reading to the end of its redirected stream.
// p.WaitForExit();
// Read the output stream first and then wait.
string output = p.StandardOutput.ReadToEnd();
p.WaitForExit();
Подробнее см. ЗДЕСЬ